Konkurrenz
Am häufigsten treten invasive Arten in Konkurrenz um Lebensraum und Ressourcen mit den einheimischen Arten. Sie verdrängen dadurch einzelne Arten (z.B. die neophytische Kartoffel-Rose, Rosa rugosa die Bibernell-Rose, Rosa spinoissima in Dünen Norddeutschlands) oder ganze Artengemeinschaften (z.B. Reinbestände von Staudenknöterichen an Bachufern).
Fressfeinde
Invasive Arten treten als Fressfeinde gegenüber einheimischen Arten auf (z.B. die gebietsfremde Bisamratte, Ondatra zibethicus, die Bachmuschel, Unio crassus).
Kreuzung der Arten
Weniger offensichtlich und oftmals nur mit Labormethoden nachweisbar sind Einkreuzungen der Gene gebietsfremder Arten in einheimische Arten (z.B. durch die Schwarzkopfruderente, Oxyura jamaicensis in die Weißkopfruderente, Oxyura leucocephala oder durch Gartenformen der Gemeinen Akelei, Aquilegia vulgaris). Dies führt zu einer schleichenden genetischen Veränderung der Art, an deren Ende die einheimische Art mehr oder weniger verändert bzw. durch die gebietsfremde Art „ersetzt“ wird.